接下来怎么办的问题，邱进益说，只希望检方尽快公布调查真相，因为有真相才可以谈后面所谓的道歉、赔偿，假如海巡有责任，就要道歉、赔偿。另外一方面，当然因为两岸目前没有沟通管道，否则应想办法托人向大陆方面表达，现在因进入司法程序，所以行政机关还不能做任何动作，只要等到结果出炉，后续该道歉就道歉，该赔偿就赔偿。这样对方也许可以接受、理解，不会让恶意螺旋继续上升。
谈到这事件对两岸关系的影响，邱进益说，现在金厦海域的禁限制水线不但没了，陆方还要逐渐行使管辖权，大陆海警船临检台方的观光艇就是一例，等于民进党政府是“主权”没有，管辖权也没有了，面子、里子都失掉。
后续不只是进一步压缩台方的空间，邱进益强调，敌意螺旋的上升是非常危险的事。现在大陆两会过了，这事件重新回到焦点，下一步大陆会采取什么动作，是他最担忧的事，“国安局长”蔡明彦说，陆方是用逼迫的姿态来希望你就范，但他觉得这还不够，陆方绝对不会满意如此。
邱进益认为，大陆下一步可能采取行动，在控制范围内，不至于引起美国介入，但会让台湾付代价，因为如果金门检方迟不公布调查结果，拖下去的话，大陆对老百姓没办法交代。所以最怕的是采取军事行动，譬如用很小的代价，拿走东沙岛、太平岛。
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