成功大学公共卫生研究所陈美霞认为，台湾公共卫生体系的市场化是台湾当局在经济和政治的指导思想上拥抱西方力推的新自由主义，推动“简政放权”的结果。在李登辉时代，台湾当局开始“瘦身”、“裁员”，将某些社会治理功能让给“社会力量”。2000年陈水扁上台后，这个进程得以加速。台湾当局建立“政府组织改造委员会”，推动“四化”，分别是“去任务化”、“地方化”、“行政法人化”、“委外化”。原属于政府机关的业务，被要求委托给民间机构办理。私人医疗机构相对于公立机构的优势的建立和扩大，是“去任务化”和“委外化”思想在公共卫生方面的反映。
无论公立、私立，医疗机构都要为病患服务，只要能解决问题就是合格的医疗机构。台湾的卫生体系不断扩张，医院、诊所数量越来越多，它们使用的设备也越来越先进。然而陈美霞认为，随着台湾公共卫生体系的市场化进程，台湾的公共卫生事业却出现倒退，特别是在传染病、慢性病的防治方面，无法满足社会的需求。2003年的SARS疫情就是证明。这背后的原因是与市场化相伴的另一个问题：“医疗化”。
四、台湾公共卫生体系“医疗化”演变
当代台湾公共卫生学术界认为，公共卫生事业有2个部分：防患与医疗。从1950年代到1970年代，台湾当局发展公共卫生事业的指导方针是“基层预防性公共卫生建设优于医疗建设”。简而言之，“不治已病治未病，不治已乱治未乱”，当时的政策强调“防患于未然”。
防患与医疗是2个概念，既有联系，又有区别。疾病，特别是传染病、慢性病的预防性工作是一件纷繁复杂的工作，要求政府持续投资，也要求发动民众、社区力量积极参与。从政府机构来看，预防工作需要执政当局顶层设计，不但有卫生部门直接参与，还需要社会、经济、公共安全，甚至外事部门相互配合。
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